Kanser genetiği veritabanı oluşturulması ve biyoinformatik araçlarına entegrasyonu ile yeni kanser veri setlerinin analizi

Abstract

Açık veritabanlarında depolanan fonksiyonel genomik platformlar kullanılarak tümörden elde edilmiş genom çapındaki profiller, büyük projelerin ve daha küçük çaplı araştırma ekiplerinin ilgisi ile beraber astronomik boyutlara ulaşmaktadır. Bunun sonucunda, günümüzde bu verileri mevcut bilgiler ışığında entegre edebilecek ve yorumlayabilecek aynı zamanda kanser araştırmacıları ile paylaşabilecek araçlara acil ihtiyaç vardır. Bu tez projesinde amaç bu ihtiyaca cevap verebilecek bir biyoinformatik platformu oluşturmaktır.Geliştirilen platformun fonksiyonları kanser araştırmacılarının orijinal hipotezler geliştirirken sıklıkla ihtiyaç duydukları analizleri gerçekleştirebilecek şekilde oluşturulmuştur. Platform farklı kanser türleri için gen, protein, miRNA ekspresyonlarına ilişkin profilleri, mutasyon bilgilerini, gen kopya sayısı değişimlerini ve protein ? protein etkileşimi bilgilerini saklayabilmektedir. Platform araştırmacıların onkogenomik veri ile gerçekleştirilmiş temel, entegre ve ağanalizlerine ilişkin sonuçları sorgulayabilmelerini sağlamaktadır. Gen ve miRNA ekspresyonu farkı analizi, SNP verisinden elde edilen kopya sayısı değişiminin temel analiz olarak sunulduğu platformda gen ekspresyonu, miRNA ekspresyonu, mutasyon bilgisi ve kopya sayısı değişimlerini entegre eden çeşitli analiz yöntemlerini ve bunlar ile beraber genelleştirilmiş gen seti zenginleştirme analizi entegre analiz yöntemleri olarak yer almaktadır. Ağ analizi özelliği ise bir birine eşlik eden gen ekspresyonu değişimlerini, gen ekspresyonunu düzenleyici ağları ve protein ? protein etkileşimlerini saklamayı ve görselleştirmeyi içermektedir. Son olarak, geliştirilen platformda gen ekspresyonu verisi ile klinik veri birleştirilerek sağkalım analizi gerçekleştirilebilmektedir.Geliştirilen platform mevcut hali ile 90 farklı genomik kanser araştırmasından elde edilen 20,000?den fazla hastaya ilişkin bilgiyi saklamaktadır. Farklı veri tiplerinin kullanılabilmesi, onkogenetik üzerinde etkili faktörlerin tespit edilebilmesi için orijinal entegre analiz yöntemlerini desteklemesi ve gen veya yolaklar üzerinden etkili değişimlerin sorgulanabilmesi ile öne çıkan platform literatürde var olan çalışmalara göre araştırmacılara çok zengin ve orijinal bir kaynak sunmaktadır.