Ateş yanıklığı hastalığı etmeni Erwinia amylovora’nın LNA probe kullanılarak kantitatif REAL-TIME PCR ile tanısı ve tespiti

Abstract

Yumuşak çekirdekli meyve ağaçlarında önemli kayıplara neden olan Ateş Yanıklığı Hastalık etmeni Erwinia amylovora' nın LNA prob kullanılarak Kantitatif Real-Time PCR ile hassas ve kısa sürede tanısı ve tespiti yapılmıştır. Bakteriyel patojen, Erwinia amylovora' nın Real-Time PCR yöntemiyle tanısı için, patojenik bakterinin polisakkarit üretiminden sorumlu ve kromozomal ams gen' inin 1,6 kb' lik internal diziliminden prob ve primerler dizayn edilmiştir. Geliştirilen prob ve primerler ile Erwinia amylovora genomundan, planlandığı gibi 63 bp' lik PCR ürünü çoğaltılmıştır. Prob ve primerlerin spesifikliğinin belirlenmesi amacıyla farklı Erwinia amylovora strainleri ve farklı türlere ait bakteriyel izolatlar kullanılmıştır. Farklı bitki patojeni bakterilerin genomlarından hiçbir amplifikasyon tespit edilememesine rağmen, test edilen tüm yerli ve yabancı farklı Erwinia amylovora strainlerinden 63 bp' lik amplifikasyon elde edilmiştir. Geliştirilen primer ve probun hassasiyet limiti direkt bakteriyel süspansiyondan 6 cfu/2 ? , genomik DNA' dan 10 pg olarak belirlenmiştir. Bu çalışmada geliştirilen prob ve primer kullanılarak gerçekleştirilen Kantitatif Real-Time PCR metoduyla, hastalıklı ve sağlıklı yaprak, sürgün ve çiçeği içeren bitki materyallerinden E. amylovora' nın tespiti yapılarak, hastalık etmeninin çiçeklenme döneminden üretim sezonunun sonuna kadar epifitik populasyonlarının değişimlerinin tespit edilmesine olanak sağlanmıştır.