Parafine gömülü pankreas kanseri doku örneklerinde sirkadiyen ritim genlerinin ekspresyonlarının araştırılması

Abstract

Amaç: Sirkadiyen ritim genleri hücrelerde önemli yolakların kontrolünü sağlar. Pankreas kanseri, tedavisi en zor kanserlerden birisi olup, 5 yıllık sağkalım ortalama %7 kadardır. Bu çalışmada pankreas kanseri dokularındaki sirkadiyen ritim genlerinin ekspresyon seviyelerindeki farklılıkların araştırılması amaçlanmıştır. Yöntem: Parafine gömülü pankreas tümörü ve tümör dokusuna bitişik normal dokulardan total RNA izolasyonu yapılarak cDNA'ya çevrilmiştir. Daha sonra revers transkriptaz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ve kuantitatif (quantitative) gerçek zamanlı (real-time) PZR (qRT-PCR) yapılarak, seçilen sirkadiyen ritim genlerinin BMAL1, CLOCK, PER1, PER2, CRY1, CRY2 ekspresyon seviyeleri değerlendirilmiştir. Ekspresyon seviyeleri istatistiksel olarak analiz edilmiştir. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen pankreas kanseri tanılı 22 hastanın 11'i kadın, 11'i erkek olup 43 ile 85 yaş aralığında dağılım göstermiştir. Üç tekrarlı olarak yapılan qPCR çalışması sonucunda elde edilen 2-ΔΔCT değerleri doğrultusunda Wilcoxon testi uygulanmıştır. Tümör ve tümör dokusuna bitişik normal dokularda seçilen genlerin ekspresyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. Bu doğrultuda BMAL1 için p=0,529 (p>0,05), CLOCK için p=0,538 (p>0,05), PER1 için p=0,947 (p>0,05), PER2 için p=0,827 (p>0,05), CRY1 için p=0,886 (p>0,05), CRY2 için p=0,938 (p>0,05) değerlerine ulaşılmıştır. Sonuç: Pankreatik Duktal Adenokarsinom tanısı almış 22 hastanın tümör dokusu ve tümör dokusuna bitişik normal dokusunun sirkadiyen ritim genlerinin ekspresyon farklılıkları incelenmiştir. Ekspresyon düzeyleri 22 hastada toplu olarak karşılaştırıldığında istatistiksel olarak bir değişim bulunmadığı sonucuna varılmıştır. Ancak, her hasta tek tek incelendiğinde, ekspresyonlarında bir takım değişimler saptanmıştır.